1988 yılında üniversitemiz tarafından başlatılan deniz kaplumbağalarının popülasyonlarının izlenmesi ve korunması çalışmaları, Fauna Flora Araştırma ve Uygulama Merkezi elemanları tarafından  her sene farklı kumsallarda gerçekleştirilmektedir

2009 yılında başlayan,  "Darevskia rudis (Bedriaga, 1886) (Sauria: Lacertidae) Türünün
Karadeniz Bölgesindeki Dağılışı, Taksonomik Durumu ve Ekolojisinin Araştırılması" 2009.KB.FEN.003 Nolu BAB projemiz halen devam etmektedir.

Nakiboğlu, M., (2004) Bazı Şifalı Bitkilerin Farmasötik Önemi Olan Aktif Bileşen Kapasitelerinin Tayini. Münferit AFS Projesi

Nakiboğlu, M., (1998) Bazı Tıbbi Bitkilerin Antimikrobial veAntioksidan Etkilerinin Araştırılması. A.F.S.Projesi.Proje N0. 0.922 98 .01.22.

Nakipoglu,M 1997) Şifalı Çay Olarak Kullanılan Sideritis L.(Dağ (Çayı) Türleri Üzerinde Kemotaksonomik Araştırmalar.AFS Projesi Proje N0.0.901.95.01.03).

Nakiboğlu,M., (1997) Türkiye Mentha L. (Nane) Türlerinin Kemotaksonomisi Üzerine Bir Araştırma . D.E.Ü. A.F.S.Projesi. Proje N0.0.922.97.01.20.

Nakiboğlu, M. (1994) Şifalı Çay Olarak Kullanılan Sideritis L. (Dağ çayı) Türleri Üzerinde Biyosistematik Araştırmalar D.E.Ü. A.F.S.Projesi.Proje N0. 0 901.91.01.02.

Nakiboğlu, M. (1990) İzmir ve Çevresinde Yayılış Gösteren Salvia L. (Adaçayı) Türleri Üzerinde Kemotaksonomik Araştırmalar. D.E.Ü. A.F.S.Projesi. Proje N0.901 87 03 01.