1. FreeBSD sadece primary partition'lardan birine kurulabilir. Linux  ise extended partition'a kurulabilir.
2. Linux  çekirdek olmasına karşın FreeBSD işletim sistemidir.
3. Linux 'ta ethernetler "eth0, eth1,eth2.." isimlerini alırlar. FreeBSD ise üretici firmaya göre ethernet ismi verir. xl0: 3Com , fxp0: intel  rl0: realtek vs.
4. FreeBSD de ports kolleksiyonu vardır. Herhangi bir programı kurmak için ilgili dizine gidip "make" komutunu vermek yeterlidir.
5. Hangi versiyon olursa olsun iyi bir internet bağlantısı varsa son stable versiyon elde edilebilir. (make world)
6. Linux GPL lisansı ile dağıtılır. FreeBSD BSD lisansı ile dağıtılır.
7. Kullanılan komutlar çoğunlukla benzedir. Ancak komut parametreleri farklılık gösterebilir.
8. Linux'a göre daha az tanınmıştır.